اقدامات حوزه باستان‌شناسی شهر اصفهان سالها با انتقادات فراوانی رو به رو است، به تعبیر برخی کارشناسان، پروژه پر حاشیه میدان امام‌علی و احداث زیرگذر تا کف‌سازی چهارباغ از مواردی بوده‌اند که لایه‌های تاریخی این شهر را از زیر تیغ گذراندند، این منتقدان تاکید دارند متولیان شهر کاوش‌های باستان‌شناسی را جدی نمی‌گیرند.